ご質問の場合、適法な労使協定を結んでいるかどうかがポイントとなります。

過誤払賃金の一部控除について労使協定を結んでいる場合、精算時期としては、一般的に過払いのあった時期と賃金の支給調整をする時期は合理的に近接な時期とし、（過払い賃金の額により一概には言えないが）翌月精算も含め過払い後２〜３ヶ月程の期間内と考えられるでしょう。

また、過払い賃金の控除については、あらかじめ労働者にそのことが予告されるべきことは当然であり、控除できる金額は「その額が多額に渡らない」範囲で、かつ、労働者の経済生活の安定との関係上、相当と認められる範囲で許されると解されています。

労使協定が締結されていない場合は、厳密に判断すると、全額払いの原則に反しそうですが、一般的には合理的な範囲内（控除方法、時期、金額）で過払い賃金の精算が行われることは許されると解されています。

２０１２．１