通常、積立金の運用により生じる利子、配当、分配金などは、利子所得や配当所得などとして課税されますが、確定拠出年金の運用益には課税されません。 税法ではその見返りとして積立金残高の約1.7%の特別法人税などを課税することになっています。 特別法人税は厚生年金基金や税制適格年金の資産残高にも課税されてきましたが、厚生年金基金は課税対象となる資産の算定方法が特殊なためにほとんど課税されず、税制適格年金の場合は会社が特別法人税の全額を負担していました。しかし、確定拠出年金では積立資産が個人ごとに分別管理されていますので特別法人税を個人が負担することになります。 特別法人税は積立金残高に課税されますので資産運用においてはマイナスに作用し、運用の効果を下げる要因になります。 現在の運用率の悪化と確定拠出年金の導入推進のため、平成14年度まで特別法人税などの課税は停止されていますが、預貯金や国債など運用利率の低い元本確保型の金融商品での運用にとって、特別法人税の負担は事務費の負担と共に大きな問題となります。